在藏传佛教的历史上，觉囊派曾与宁玛派、萨迦派、噶举派、格鲁派并称为藏地最有影响的五大教派之一。通常认为，宁玛派最殊胜的教法是“大圆满”，噶举派最出名的是“大手印”，萨迦派以“道果”闻名于世，格鲁派以“大威德”广受赞叹，而觉囊派最完整的传承则是“时轮金刚”。“时轮金刚”的渊薮，源自释迦牟尼佛应香巴拉国月贤王之请，在印度南部吉祥山聚米塔里的亲授。

　　月贤王将《时轮经》带回天国后，将它整理成《时轮根本续》，其精华就是“时轮金刚”。“时轮金刚”在香巴拉国代代相续，公元九世纪时，印度有个大瑜伽士堆夏钦波以神通亲往香巴拉国，求得《时轮根本续》等密宗续部传承，带回后在流派纷繁的佛教古国得到一定的传播。

约在一千年前，“时轮金刚”由印度传至西藏。当“时轮金刚”传至一位后藏大修行者更蚌•图杰宗哲（1243-1313）手里时，他在今西藏日喀则拉孜一山沟里，创建了对保持时轮脉系永不中断具有特殊意义的觉囊寺，觉囊派之名亦由此而来。
　　
五世达赖喇嘛主政西藏后，觉囊派被迫改宗格鲁，一些史书在写到这一段历史时，多断言：“从此，觉囊派在西藏基本绝传”、“到十七世纪后半期，觉囊派就不复存在了”。

自上世纪八十年代起，一代大德藏瓦寺金刚上师云登桑布（1928-2002）不失时机地站了出来,为觉囊派的复出做出了巨大的努力。第十世班禅大师（1938-1989）曾把云登桑布上师请到家中，很动情地说：“过去很多人都以为藏地最具精华的时轮金刚只是说说而已，它的最殊胜的大型灌顶及法脉的传承已经消失了，或不健全了，我的心里时感欠憾，没想到在你们那个地方，有那样的大德把时轮金刚完整地、一字不差地延续下来，我心里非常高兴、非常激动。我为藏地没有失去这样的大法而高兴，为今日能见到你这样的大德而高兴。”从这时起，才有更多的人逐渐知道了，原来，几百年来觉囊派并没灭绝，其中坚力量主要就隐没在今日壤塘等地，它的法脉非常清净纯洁，一直绵绵不断地传承到今天。

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